微生物学科为理科，属生物学一级学科中的二级学科。在生命科学中，微生物学科已迅速成长为重要的前沿基础学科。江西农业大学微生物学科始建于1957年，国内知名学者黄其望教授、老校长欧阳谅教授等老一辈学者创建本学科。近半个世纪，历经几代人的辛勤耕耘，微生物学科得以发展壮大。2003年经教育部批准为硕士授权点，为江西省“十五”、“十一五”、“十二五”省级重点学科以及“十二五”省级示范性硕士点。拥有江西省农业微生物资源开发利用工程实验室、南昌市发酵应用技术重点实验室。

071005 微生物学二级学科学术学位由16位硕士生导师组成，其中教授5人，研究员3人，副教授8人，具有博士学位的15人。江西省高校中青年学科带头人4人，江西省高校青年骨干教师1人，江西省青年科学家培育对象1名、校级“未来之星”4人。近年来，主持国家、省、市及地方科研项目40多项。获江西省自然科学二等奖各2项、三等奖1项，江西省高校科技成果奖二等奖、三等奖各2项，其他类别奖励3项，获国家授权发明专利5项，年均发表论文60余篇，编写著作（教材）2部，省级精品课程2门。本着教学与科研相融合、基础研究与应用研究相结合、传统学科与新兴学科相交叉为指导，以立足江西，服务江西，辐射全国为目标，逐步发展为具微生物次级代谢产物、微生物遗传育种、微生物发酵工程、大型真菌和内生菌资源开发利用、天然产物杀菌剂等5个稳定的研究方向。

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